在GEO中下载MINiML formatted family file(s)

setwd("C:/AW")

PROBE=c("26540_at","76571_s_at"）#目标基因的两个探针

PROBE=as.data.frame(PROBE)

colnames(PROBE)="probe"

a=list.files("GSE39582_family") #提取GSE39582_family文件夹下所有文件名

n=length(a) #GSE39582_family文件夹文件数量

for(i in 1:n){

  b[i]=substring(a[i],1,10) #在文件名中取前10即样本名

}

dir=paste("./GSE39582_family",a,sep="/") 

merge.data=read.delim(file=dir[1],header=F) #提取第一个文件

colnames(merge.data)=c("probe",b[1]) #列名

for(i in 2:n){

  new.data=read.delim(file=dir[i],header=F)

  colnames(new.data)=c("probe",b[i])

  merge.data=merge(merge.data,new.data,by="probe") #根据“probe”列合并文件

}

write.csv(merge.data,file = "./GSE39582_family/merge.csv",row.names=F) #输出合并文件

expression=merge(merge.data,PROBE,by="probe",all=F) #提取合并文件中目标基因列

write.csv(expression,file = "./GSE39582_family/GSE39582C1.csv",row.names=F) #输出目标基因文件

参考：https://blog.csdn.net/weixin_40645816/article/details/82110057